中文Новый вариант коронавируса 501Y-V2 из Южной Африки
18 декабря 2020 года в Южной Африке был обнаружен мутант 501Y-V2 нового коронавируса.Сейчас южноафриканский мутант распространился более чем в 20 странах.Эксперименты показали, что вышеуказанные мутанты нового коронавируса могут нести другие варианты нового коронавируса: мутации K417N/T, E484K и N501Y, которые могут снижать нейтрализующую способность нейтрализующих антител, индуцированных вакциной, в плазме.Однако по сравнению с эталонным геномом Wuh01 (порядковый номер MN908947), последовательность 501Y.V2 южноафриканского мутантного генома имеет 23 нуклеотидных варианта.Он имеет ту же мутацию N501Y, что и британский мутант подтипа B.1.1.7, но все еще содержит мутации в двух ключевых сайтах E484K и K417N белка S, которые оказывают потенциально важное влияние на способность вируса инфицировать.
Новый коронавирус представляет собой одноцепочечный РНК-вирус, мутации в геноме которого встречаются чаще.Обнаружение одной цели может легко привести к пропущенному обнаружению образцов с низкой вирусной нагрузкой и мутировавшими штаммами вируса.Частота повторных обследований при единичном положительном результате целевого обнаружения может достигать более 10%, что может увеличить рабочую нагрузку и продлить время диагностики.Обнаружение нескольких целей и взаимная проверка результатов каждой цели могут повысить уровень обнаружения и облегчить раннюю диагностику.
Рисунок 1. Принципиальная схема механизма заражения новым коронавирусом.
Новый мутант коронавируса B.1.1.7 из Британии
26 декабря 2020 г. в Интернете была опубликована первая научная статья о штамме B.1.1.7.Институт гигиены Лондонского университета и тропических болезней Великобритании подтвердил, что штамм B.1.1.7 более способен к распространению, чем другие штаммы, что составило более 56% (95% ДИ 50-74%).Поскольку этот новый мутантный штамм обладает более очевидной способностью передачи, контролировать COVID-19 стало сложнее.На следующий день Бирмингемский университет в Великобритании опубликовал статью на MedRxiv.Исследование показало, что количество копий генов вируса ORF1ab и N у пациентов, инфицированных мутантным штаммом B.1.1.7 (выпадение S-гена), было значительно увеличено;это явление наблюдалось среди населения.В этой статье указывается, что пациенты, инфицированные мутантом B.1.1.7 Британии, имеют значительно более высокую вирусную нагрузку, поэтому этот мутант также может быть более патогенным.
Рисунок 2. Последовательность геномной мутации, содержащаяся в мутантном штамме коронавируса B.1.1.7 из Великобритании.
Рисунок 3. Мутация N501Y произошла как в Великобритании, так и в Южной Африке.Варианты
Набор для обнаружения новых вариантов коронавируса
Компания Chuangkun Biotech Inc. успешно разработала набор для обнаружения новых вариантов коронавируса B.1.1.7 и 501Y-V2.
Преимущества продукта: высокая чувствительность, одновременное обнаружение 4 мишеней, охватывающих основные сайты мутаций мутантного штамма B.1.1.7 и южноафриканского мутантного штамма 501Y.V2.Этот набор может одновременно обнаруживать сайты мутаций N501Y, HV69-70del, E484K и новый ген S коронавируса;Быстрый тест: с момента взятия пробы до получения результата проходит всего 1 час 30 минут.
Рисунок 4. Кривая усиления британского варианта обнаружения COVID-19
Рисунок 5. Кривая амплификации южноафриканского варианта выявления COVID-19
Рисунок 6. Кривая амплификации нового коронавируса дикого типа.
Неясно, как эти мутации накапливают новые долгосрочные последствия пандемии COVID-19.Но это напоминает нам, что эти мутации могут повлиять на эффективность естественного иммунитета и иммунитета, вызванного вакцинацией.Это также напоминает нам о том, что нам необходимо постоянно отслеживать новый коронавирус в течение длительного времени и обновлять вакцину против COVID-19, чтобы справиться с эволюцией нового коронавируса.
Время публикации: 12 марта 2021 г.